原果蔬汁经前几步加工处理后，仍残留少量有机酸、苦味物质和色素等，往往会破坏果汁饮用时的风味，降低产品质量。
果汁脱酸：利用电渗析膜(两侧均用阴膜，酸根一侧渗出，另侧渗入OH-与H+中和)，可以有效脱除果汁中的有机酸，降低果汁酸度，提高产品质量和口感。
果汁脱色：果汁不仅可以使用各种合成树脂进行脱色处理，还可以采用超滤技术进行处理。用聚酯醚砜(PES)/聚乙烯吡咯烷酮(PVP)复合膜超滤技术脱除苹果汁中31%的色素，截留分子量为20～50KDa的超滤膜对红霉果浆废水中的花青素的回收率达80%。
果汁脱苦：柑橘类果汁柚皮苷、类柠檬苦素等的存在，极大地影响破坏了产品的品质和商业价值。目前可采取吸附、超临界CO2脱苦等方式，此外，超滤技术能有效降低果汁中苦味物质含量。例如，利用超滤和树脂吸附的联合过程对葡萄柚汁进行脱苦，柚皮苷、类柠檬苦素几乎完全脱除，分离效果极高，但由于膜性能不够稳定，还没有实现大规模工业使用。
