电渗析运行过程中产生的污垢主要有三类：由电极反应和极化产生的主要是钙、镁的碳酸盐污垢；在浓水中，因过饱和而慢慢析出的主要是钙、镁的硫酸盐污垢；在直流电场作用下，带电物质在膜表面的沉积物，主要是有机物、胶体和微生物。
极化结垢大多数发生在浓室的阴膜面上，也就是发生在阴膜的阳极面上，因为浓室溶液体系呈碱性，满足CaCO3、MgCO3的沉淀条件，电极极性倒换后，浓、淡室相应地发生变化，使原来在阴膜面上沉积物溶解(此时系统呈酸性)，而在阴膜的另一面上又有沉积物生成。
通过定时的极性转换，从而打破了CaCO3等垢物的生成条件，便起到自身清洗作用。在负极上因电极反应可生成CaCO3沉淀结垢，以及硫酸盐，胶体等污垢，同样因为频繁转换电极极性，浓、淡水室而打破了沉积条件，或使沉积物溶解而随水流(浓水和极水)排出。这样就保证了膜的性能和电极长期稳定，从而确保脱盐率和出水水质的稳定。
