1沉淀法：沉淀法是指在废水处理时通过加入某些能够与污染物及有毒物发生反应的化学物质，经沉淀、过滤，最终达到净化的目的。不同于吸附法，该过程有化学反应，属于化学法。王莘淇使用磷酸铵镁沉淀法处理废水，发现在最适的pH条件下，PO43-去除率达90%，NH4+去除率达15%，当加入晶种后可以提升约20%的去除率。此法成本低，却引入新物质，添加量过大会造成二次污染。
2高级氧化法：高级氧化法是一种利用一些活性极强的自由基降解有机污染物，使其转换成易降解的小分子，甚至完全氧化成CO2和H2O的一种环保的处理方法。由于优良的处理效果，目前已受到国内外研究人员的青睐。目前，Fenton法主要包括超声波Fenton法、电Fenton法、光Fenton法、微波Fenton法，该法已经被实际应用于生产中，对处理有机废水有着显著作用。Badawy等考查了Fenton和生物联合工艺处理BOD/COD为0.25~0.30的制药废水，朱荣淑等考查了采用Fenton预处理废水，废水中除了吡啶的去除率(约53.3%)较低以外，其它各组分如CH2Cl2、四氢呋喃、DMF、硝基苯、邻甲苯胺的去除率都在92%以上。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
高级的氧化方法中一种常见方法是臭氧氧化法，基于臭氧自身很强的氧化性能，将制药废水中的一些有机分子、发色基团氧化成小分子化合物或直接氧化为CO2和H2O，且大多数的细菌被除去，达到废水处理的目的。此法较环保，且一般不会污染环境，可生化性也大幅度提高，因此臭氧氧化法及其联合技术在废水中被广泛采用。王少俊等采用Fe/C预处理+生化+臭氧生物炭的组合工艺处理高浓度维生素B2生产废水，经处理后的废水已达到《污水综合排放标准》(GB8978-1996)排放要求。