传统的发酵液菌丝分离采用板框过滤或离心分离，但板框过滤、或离心分离劳动强度大，分离精度低，给后序工艺造成很大麻烦，而且产品品质不高，影响产品价格。另外，板框过滤或离心分离水洗量较大，后序工艺废水量较大，给环保造成较大压力。现在国內某些厂家采用陶瓷膜过滤菌丝，效果很好使用陶瓷膜过滤水洗量小，后序工艺处理容易，废水量小(国内某肌苷厂采用陶瓷膜过滤除菌丝，废水排放总量减少40%)，产品品质高而且可以大幅度提高得率。并且陶瓷膜再生容易，清洗剂用量少且便宜，寿命长。陶瓷膜成套设备可以采用全自动化控制，劳动强度非常小。
主要成分：水88～89%、菌体～1%(净重，体积浓度～5%)、赖氨酸10%和其它离子等；
物化性质：pH=2；ρ=1.1×103kg/m3；μ=10mPa*s；
本流程主要包括：
主过滤回路。主过滤回路包括主过滤、辅过滤两部分，主过滤由发酵液进原料罐，经变频供料泵、循环泵，进主过滤部分，浓液进浓液罐，清液进清液罐。辅过滤由浓液罐中浓液加洗水，经变频供料泵、循环泵，进辅过滤部分，清汁进清液罐，浓液部分加3次洗水过滤后排放。
清洗回路。陶瓷膜经过一段时间运行后通量会有所下降，此时通过清洗来恢复通量。用排空泵将循环侧、渗透侧料打空。
赖氨酸发酵液经过上述工艺处理后得到澄清的透出液，赖氨酸的收率可以达到98%以上。因此该工艺是分离赖氨酸发酵液中菌体的很好的方法。
