木瓜蛋白酶简称木瓜酶，又称为木瓜酵素。是利用未成熟的番木瓜果实中的乳汁，采用现代生物工程技术提炼而成的纯天然生物酶制品。木瓜蛋白酶主要作用：食品加工、医药使用、日化洗涤、饲料加工、皮革和纺织等行业；以未成熟的番木瓜乳液为原料，经过生物提取、微滤膜分离、冷冻、干燥提炼而成纯天然高效的酶制剂。
膜分离法
膜分离法不但避免了以上两种方法的缺点，且生产过程卫生安全，收率也高，所生产的成品酶活损失小，酶活力一般可达到280万～350万单位/g，可达400万单位/g，且酶活稳定性好，纯度高，色泽洁白，细菌数低，严格操作可达到医药级别。
其提取工艺条件为超声波功率300W，超声处理时间200s，果浆质量分数30%;经超声波强化提取，酶活力提高到原先的1.71倍;该酶在40℃以下，pH为5.4～6.0时酶活力相对稳定;EDTA、Cys和维生素C对酶活力具有激活作用，CuS04和ZnCl2具有抑制作用，而KCl、NaCI、CaCl2、MgS04对酶活力的影响不大。
木瓜蛋白酶的分离纯化工艺：采用初步采集处理，20%、40%硫酸铵分级沉淀、SP-sephadexC50柱色谱、羟基磷灰石柱色谱，从番木瓜乳汁中分离纯化木瓜蛋白酶。可获得比活为1184U/mg的纯酶，活力回收率为55.79%，纯度达到99.31%，为高纯度的木瓜蛋白酶。
