利用微孔滤膜分离和富集微生物、微粒等，也用于澄清苹果汁、浓缩提纯发酵产品(如酶、氨基酸、黄原胶等)、开发产品等。
富氧空气除菌
无菌空气是为生产菌的繁殖和代谢提供足够的溶解氧，利用气体分离膜除菌效果好，同时可以提高空气中的氧浓度，得到富氧空气，这可以大大提高生化反应器中的溶氧系数。
培养基灭菌
由于动物细胞培养基含有对热不稳定的血清、激素等物质，常用的蒸汽灭菌方法不适用，使用膜分离法可以达到除菌的目的。同样,在连续发酵工艺中，采用膜分离技术除去流加培养基中的杂菌具有快速、方便、节能等优点。
对原料预处理
在干酪生产中，用超滤和反渗透技术浓缩原料奶可以降低运输成本并增加干酪的产量；在利用乳清发酵生产乳酸时，用反渗透进行预处理或用超滤澄清以改变原料的品质使适合发酵的要求。食品工业用水可通过超滤除菌，也可以用反渗透一次性完成水的软化和除菌；利用新兴的纳滤技术进行水处理时，离子的脱除率很高。
