(1)反冲洗
反冲洗是一种广为采用的清洗方法，可以有效去除凝胶层及膜污染。通过采用气体、液体等作为反冲介质，给滤膜管施加反向作用力，使膜表面及膜孔内所吸附的污染物脱离滤膜，从而使通量得以恢复。在反冲洗过程中，若同时对膜面进行快速冲洗，清除变松的污染层，可提高清洗效果。一般采用两个超滤器并联运行，用一个超滤器的出水对另一个超滤器进行反冲洗。这应在较低的操作压力下进行(约132kPa左右)，以免引起膜破裂。反冲洗时间一般需要(20～30)min。对于卷式超滤器，定时反冲洗是稳定其产水量的必要手段。有研究表明，对于因长期连续运转透水量下降而再生又有困难的超滤装置，在停止运转时用高纯水浸泡静置10h以上，然后再进行水力反冲洗，是提高超滤透水量的有效方法。
(2)空气冲洗或曝气
曝气方法主要使通过曝气控制装置使曝气间歇性产生单个大气泡，大气泡在上升过程中对膜表面的剪切力和传质效率明显高于普通的自由曝气产生的小气泡。这提供了一种低能耗高效率的膜污染曝气控制方法，进一步提高膜污染控制的效果，提高膜分离的选择性和效果，降低曝气能耗，减少膜清洗次数和清洗成本，提高膜组件的使用寿命。空气冲洗将产生气液两个流动相，这种处理方法简单，对于初期受有机物污染的膜的清洗是有效的。
(3)等压冲洗
适用于中空纤维膜超滤器。冲洗时首先降压运行，关闭超滤液出口并增加原水(料液)进入速率。此时中空纤维内腔压力随之上升，直至达到与中空纤维外侧腔体操作压力相等，使膜两侧压差为零，滞留于膜表面的溶质分子，即会悬浮于溶液中并随浓缩液排出。
(4)负压清洗
负压清洗是通过一定的真空抽吸，在膜的功能面侧形成负压，以去除膜表面和膜内部的污染物。负压清洗在某些方面优于等压清洗和低压高流速清洗法。其中的负压反向冲洗法，是一种从膜的负面向正面进行冲洗方法，对内外有致密层的中空纤维或毛细管超滤膜是比较适宜的。这是一种行之有效但常与风险共存的方法，一旦操作失误，很容易把膜冲裂或者破坏中空纤维或毛细管与粘结剂的粘结面而形成泄漏。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
(5)机械清洗
对管式超滤器可采用软质泡沫塑料球、海绵球(直径略大膜管内径)，对内压管膜进行清洗。在管内用水力让泡沫、海绵球反复经过膜表面，对污染物进行机械性地去除。这种方法对软质垢几乎能全部去除，但对硬质垢则不但不易去除，且容易损伤膜表面。因此，该法特别适用于以有机胶体为主要成分的污染膜表面的清洗。
机械清洗中还有一种振荡旋转法，即通过对膜组件的机械甩动，如振荡、旋转等手段，清除与膜表面结合力较小的大块污染物。
(6)超声清洗
超声清洗膜主要有声流、微液流和微射流等几种机理。声流是由于对声能的吸收而导致的液体流动，适用于表面上为易脱落或易溶解的污染物颗粒的膜;微液流是一种发生于由于振荡声压产生运动的气泡附近的液流循环，当空化泡靠近污染层表面时，微液流就会对污染颗粒产生强大的剪力并使之去除;微射流在空化泡破裂时形成。当空化泡破裂时，气泡壁在固体表面的相反侧产生强烈的作用，并最终形成速度约为(100～200)m/s的强烈微射流，这种高速的微射流能够有效冲去膜表面的污物。当然，超声清洗膜还有很多其他机理，包括:振动、自由基之间的化学反应、气泡破裂时产生的冲击波等。在多数情况下，这些机理协同作用于膜清洗。
(7)在线电场清洗
若使用导电膜且在膜器上安装电极，在过滤过程中，在一定时间间隔内在膜上施加电场，则膜面及其附近的带电粒子或分子沿电场方向迁移，可去除带电污染物在膜面的沉积。电清洗是一种较新的膜清洗方法，它在膜上加载直流或交流电来去除污染层。该法可以实现系统不停车的运行，但是电场可改变分离溶液的pH，并引起电极表面的电解。