物理方法对糖蜜的去除分为膜透析法、浓缩蒸馏法。膜分离法主要原理是色素分子的结构比较复杂，分子体结构比较庞大，通过特定的膜可以将水体中的大分子结构去除。在这个过程中，完全无污染，绿色环保，但是膜只能针对部分色素，并不能去除干净，膜使用的成本也非常之高，在工业上很难大面积使用膜过滤。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
浓缩蒸馏法在工业发酵废水中应用较广，其原理主要是对高浓度污水进行物理加热，浓缩后菌丝体还可以出售，可以抵消部分投入，但是工业上用蒸馏法不仅能耗极大，蒸馏出来的水分中的废物含量相对较高，而且在加热过程中污染物在高温下发生反应，过程中会产生更为复杂的污染物，在后续的处理中形成了一定的负担，比较如表1。
在工业中一般采用几种方法的结合，考虑到成本以及运营，一般都是采用生化方法，即是酵母废水在经过生化处理之后，再通过芬顿氧化从而能够达标。在工业上应用一般是高浓度废水先经过物理工艺，以降低COD浓度，然后再通过水解酸化和多级厌氧使污水中的有机物得以降低，最后通过高级氧化的工艺对水体中的色素进行氧化，这样才能使得污水水体达标排放。