在MBR工艺发展的20年间，随着科技水平的提高，MBR工艺的应用存在如下问题：
1投资成本较高：随着各国对薄膜技术的深入研究，膜成本从1992年的400美元/m2降至2005年的不足50美元/m2。虽然膜技术的进步使MBR工艺的投资成本大大降低，但是与传统污水处理工艺相比，其投资成本依然偏高。
2运行成本较高：在MBR工艺运行中，由于污泥浓度较高，造成薄膜污染严重，因此需要增大曝气量以便减缓薄膜污染，势必会增大电能消耗。同时MBR膜组件需要定期更换等，都增加了MBR运行成本。3.4.3膜污染问题MBR工艺中膜污染问题是困扰科研人员的难题，短时间内彻底的解决办法就是更换薄膜。在高浓度工业废水的处理中，膜的污染问题更为严重。下一步需要重点研究延长膜污染的时间和减轻膜污染的程度。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
MBR工艺展望：在未来MBR发展过程中，有以下主要研究方向：(1)开发高性能、低成本膜组件近些年，人们着力于研究新型薄膜，具有性能好、造价低等特点，如仿生膜等。(2)膜组件的标准化在MBR工艺发展期中，膜成本及其运行成本已得到很好的控制，但仍需进一步降低成本。MBR膜组件需要在行业内进行标准化，实现行业范围内的统一，才可降低MBR工艺的成本。MBR技术与传统的生物处理程序相比具有处理负荷大、处理水质佳、操作简单等优点，如果能将薄膜的造价进一步降低，该处理技术将无懈可击。MBR技术以其优良的性能，较低的造价越来越广泛应用于污水处理中，势必成为未来废、污水生物处理设备的主流。