根据膜组件在膜生物反应器中所处的位置不同，可以将MBR工艺分为外置式和浸没式两类。外置管式MBR膜组件完全独立于生物反应器。进水经泵增压后进入膜组件，在压力作用下混合液中的液体透过膜得到系统出水，活性污泥则被截留，并随浓缩液回流到生物反应器内。膜组件有单独循环泵以产生较大的过滤通量，膜表面流速3.5～5m/s，避免膜管堵塞。特点：反应器污泥浓度15-30g/l、使用PDVF过流式管式膜、膜装置外置、膜通量60-120l/m2.h、生化池容积较小、污泥在膜管中高速紊流不易堵塞、寿命3-5年、连续出水较为稳定、CIP在线清洗、每月药剂清洗一次、设备维护简单能耗较高。外置超滤设备自控功能可实现运行、冲洗、清洗三种模式的运行切换，设置必要的流量、压力、温度等保护措施和设备联动互锁功能。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
内置式MBR将膜组件置于反应器内，通过自吸泵过滤混合液，曝气器产生空气搅动，汽水擦洗以减少膜的污染。抽吸是间断运行的，抽吸时污染物在膜的表面形成累积，而停抽时水流冲刷污染物从膜表面脱落。特点：反应器污泥浓度5-10g/l、使用进口PDVF或国产PP或住友PTFE中空纤维膜丝、膜装置内置，膜通量5-15l/m2.h、生化池容积较大、膜表面易形成浓差极化导致膜容易堵塞、膜寿命一般1-2年住友5～10年、间歇出水不稳定易产生膜破裂断丝、需要外置清洗、清洗较为频繁、设备维护较为困难能耗很低。
清洗分在线清洗CEP和离线清洗CIP两种。CEP步骤为清空膜池、快速进药、慢速进药、浸泡、清水冲洗、正常运行;CIP步骤为膜清洗池配药、浸泡、清水冲洗、正常运行。