厌氧生物法：好氧生物处理法只能去除废水中的部分易降解的有机物，而厌氧生物法可用于处理高浓度有机废水，也可用于处理中、低浓度有机废水，对染料中的偶氮基、蒽醌基和三苯甲烷基均可降解。杨波等应用自主研制的强化循环厌氧反应器中试规模处理实际印染废水，在进水COD浓度1000-3650mg/L、系统容积负荷0.7-6.4kg/(m3·d)条件下，废水COD和色度平均去除率分别达到55%和73%。Somasiri等采用升流式厌氧污泥床反应器对纺织废水进行脱色，能够去除超过90%的COD，超过92%的色度被脱除。厌氧好氧组合处理工艺，能在一定程度上弥补处理工艺的不足。卢江涛[54]采用厌氧水解-好氧-硅藻土吸附工艺对某印染废水进行处理实验，结果表明：COD总去除率达87.6%，色度总去除率达98%，出水水质达到了《纺织染整工业水污染物排放标准》一级排放标准要求。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
生物强化技术：由于传统的生物处理法对特殊染料或污染物的去除往往不够理想，国内外许多学者也致力于培育或改良高降解活性菌种，用于印染废水处理，产生了生物强化技术。即向废水处理系统中投加自然界中的优势菌种或通过基因组合技术产生的高效菌种，增强生物量，强化生物量的反应，以去除某一种或某一类有害物质为目的。目前，生物强化技术最普遍的应用方式是直接投加对目标污染物具有特效降解能力的微生物。傅春堂等从污水处理厂污泥中筛选出能降解3种染料的菌株。通过梯度驯化，优选出1株适应能力强、活力旺盛的菌株F2，发现腐霉菌F2能彻底降解染料。Novotny证实，白粑齿菌能降解很多偶氮、蒽醌、噻嗪、三苯甲烷和酞菁染料。