(1)生物吸附法生物吸附法是指污染物与生物细胞及细胞膜吸附等的生物化学反应，其主要的生物吸附剂主要是农作物、藻类等，此法的吸附剂与物理吸附法一样也可以采取一些方法将其的吸附量适当提高，调节温度、pH值等都可将其吸附量改变，此法方便、成本低且吸附量大，是一个比较实用的方法。李尔炀等尝试采用工程菌处理制药废水，实验中选用了以下几种菌种，分别为乙酸钙不动杆菌、恶臭假单细胞菌、节杆菌，其中后两者为供体而前者为受体，进行培养之后，菌种会与废水中的杂质结合，接着菌种将于氧气结合从而达到降解目的，研究表明此法对于废水的处理有显著的效果，经过实验证明是一个稳定又实用的办法，但与其他的方法比较还有待提高。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
(2)植物修复法植物修复法是利用根部发达的植物对污染物吸收从而达到清除目的，主要的植物有水葫芦、藻类等，此法环保还可清除土壤中的污染物，但也存在季节问题且植物生长方向不好控制，如水葫芦。
(3)微生物絮凝法微生物絮凝法主要利用的是微生物，污染物与其代谢产物(蛋白质、多糖等)发生絮凝从而达到清除目的。此法目前还处于科研阶段，但其安全、环保、无二次污染，是值得大家研究的一个方法。
实际上，制药工业废水自身具有显著的特点，若仅采用传统工业废水处理的方法既不能保证处理的效果，也不符合制药企业的要求，且处理成本高，清除效率差，极大的浪费人力和物力。目前，我国还没有制订专门针对制药废水处理的标准和体系，导致各药企仅按普通工业废水的标准进行处理，这一现象十分普遍，且还未见有较好的解决方法。希望各药企和政府部门共同努力，积极配合，全面研发，早日完善制药工业废水处理的标准，提高我国制药工业废水处理的效率，降低排放，保护生态环境。