作为一种新型的水处理技术，微生物絮凝剂已广泛应用于高浓度有机废水的处理、染料废水的脱色、活性污泥的处理等废物处理中，并显示了强大的生命力。微生物絮凝剂已成为环保中的新研究方向。高浓度有机废水主要包括畜产废水及其它一些食品加工厂废水，此类废水虽然其BOD较高但一般不宜采用直接生化法处理，在生化处理之前一般加絮凝等预处理过程。大量实验研究了微生物絮凝剂在此类废水处理中的应用。文献用微生物絮凝剂加Ca处理畜产废水发现其浊度去除率达94.5%，同时TOC也有显著降低，不但处理效果优于合成高分子絮凝剂，而且不存在二次污染。孟琴等用自制的微生物絮凝剂处理蛋白质溶液和果汁原汁，也发现其处理效果明显优于阳离子聚丙烯酰胺。沈荣辉通过用微生物絮凝剂和SPA对味精废水预处理后指出：微生物絮凝剂比SPA的絮凝效果更好，还指出如果同时将微生物絮凝剂和少量SPA混合后，对味精废水的预处理效果可进一步提高，且药剂的总投加量明显减少。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
高浓度无机物悬浮废水的处理：高浓度无机悬浮废水是一类不可生化降解的废水，传统工艺一般采用化学絮凝及处理法。文献中指出微生物絮凝剂也可用于高岭土、泥水浆、粉煤灰等水样处理中，在试验中通过用微生物絮凝及处理陶瓷厂废水，釉药废水和坯体废水OD66o和浊度去除率高达96.6%。文献引用微生物絮凝及处理高浊无机废水时指出，其沉降率是阳离子聚丙烯酰胺的2.5倍，是阴离子聚丙烯酰胺的4倍。