生物法处理高得率制浆废水除了生物毒性和悬浮物的问题之外，还有一个重要的需要解决的问题因素一出水色度问题。
废水色度不仅会降低水体的透明度，影响着接受水体的感官表现，还会增加水体对太阳光的吸收，妨碍水生生物的生长和繁殖。制浆造纸废水，由于多含有具有生色基团的木素及其衍生物，因此色度较深。而高得率制浆废液更是具有组成成分复杂比，色度高的特点。色度深虽然一直是制浆造纸废水的一个主要问题，但由于我国的各项政策标准没有针对色度作出明确的规定，因此色度问题一直不被人们所重视，以往纸厂在处理后多进行达标排放。2008年修订的《制浆造纸工业水污染物排放标准》(GB3544-2008附我国造纸工业提出了新的更高的要求。其中新增了色度排放指标，制浆企业废水色度排放限值为80(稀释倍数)，造纸企业为50(稀释倍数)，且从2011年7月1日起，限值值上述减排的基础上，规定进一进减少2/3。这对制浆造纸企业是一个严厉的要求。此外，随着越来越多的造纸企业将处理后废水用于再生产，色度问题因为对废水回用的影响，越来越引起了人们的重视，综合来说，色度己经成为了人们所关注的焦点指标高得率制浆废水中由于含有木素及其衍生物，导致废水本身色度较高，且在生物处理过程中去除比较困难，成为水体质量的主要因素。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
在制浆造纸生物处理过程中，除某些具有彻底降解木素及木素衍生物能力的微生物如白腐菌等，具有一定脱色能力，被用于制浆造纸废水的脱色处理，或在一些生物处理中，由于微生物对木素等有色物质具有吸附作用，有一定的脱色效果外，一般情况生物处理对色度的去除贡献很小，甚至在多数情况下会导致色度增加，尤其是厌氧处理过程中。在处理过程中，色度生成中是一个有普遍性的问题，即使有时最终处理结果是有脱色作用的情况下，色度物质的生成也是不可避免的，在生物处理过程中某个阶段，色度的增加也是难以避免的。
在某些生物处理过程中，有时色度虽没有显著增加，但在处理过程中色度物质的生成和转化是普遍存在的，出现色度变化不大情况仅仅是生物处理过程中消除掉的色度物质和产生的色度物质量对总体色度贡献接近，因此生物处理过程中色度物质的生成是肯定的。因此，探索和研究这种生物增色是提高水体色度方面质量的有效途径，也是解决高得率浆生物处理效果的可行方法。