工业废水中往往含有生产原料及其杂质、中间产物、产品与副产品、辅助剂等，处理通常采用混凝、中和处理法、氧化法等化学法，汽提、吹脱、吸附(离子交换)、膜分离法等传质法，以及活性污泥法、生物膜法和厌氧生物处理等生物处理法。据统计，全世界生物法处理的废水量占处理水总量的65%。对于某一特性废水治理的过程中，通常会用到几种不同的处理方法或是几种不同方法的组合。
目前中药制药过程废水处理常用技术：
(1)预处理技术，主要去除细微的悬浮物、难以生物降解的有机物和化学有毒物。对于生产中排放的水质、水量变化很大的生产废水，需要采用均和调节池对废水的水量、水质加以调节;对于比重小于1的油脂及某些化合物需要采用特殊的处理;为了分离水中的固体物质，可用自然沉淀、化学沉淀和混凝沉淀处理;为了避免酸碱腐蚀，可用中和法处理。(2)生物处理技术，主要去除溶解于废水中或胶体状的有机污染物。该类处理技术是最为经济的处理方式，包括好氧生物法、厌氧生物法、厌氧-好氧组合等方法。其中，厌氧-好氧组合工艺是目前处理高浓度有机废水的主流工艺。对于出水水质要求高或有机物含量高的废水，可采用2级曝气池或2级生物滤池、多级生物转盘或联合使用2种生物处理装置，也可采用厌氧-好氧串联的生物处理系统。(3)化学处理技术，主要去除金属离子、有毒物质、有机污染物，同时可回收有价值的成分，达到净化水质与综合利用的双重效果。包括铁碳法、化学氧化还原法、深度氧化法等。常用方法有中和、混凝、化学沉淀、氧化还原、离子交换、电解等。基于清洁生产的中药制药过程废水资源化循环利用的核心任务之一是实现废水中药效组分的回收利用。但因废水中药效组分的浓度极低，新型废水处理技术的合理应用是实现该目标的关键。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
如微电解技术，虽然是处理高浓度有机废水的一种理想的前沿技术，但该技术的应用原理是利用微电解设备中填充的微电解填料产生“原电池”，而“原电池”以废水作电解质，通过放电形成电流对废水进行电解氧化和还原处理，以达到降解有机污染物的目的;而中药药效组分大多为含氧化合物，电解氧化和还原处理可能破坏其化学结构而导致活性降低或消失。又如电化学氧化技术，因其具有节能高效、方便简洁、易于操作等优势，在水处理领域被称为“环境友好”技术，是很有潜力的绿色工艺，已成为处理难降解有机废水领域的研究热点，但其作用原理是通过氧化、还原反应将废水中有机物进行降解，不利于废水中药效组分的回收利用。综合分析可知，用于药效组分回收的2级处理应以物理处理法为主，如大孔吸附树脂、离子交换树脂行无损富集和分离，该类技术是中药废水资源化循环利用的关键技术。