1分离效率高，出水水质有保证:制药废水中含有大量悬浮物质，通过膜的高效分离作用，使得出水中悬浮物和浊度接近于零。此外，由于废水中含有毒害性物质，容易导致污泥发生膨胀现象，在膜分离作用下，不会使出水水质受到影响。
2污泥浓度高，生化能力强:以膜组件代替二沉池，几乎全部活性污泥均可停留在反应器内，能够有效的提高污泥浓度，MBR的污泥浓度最高可达18~19g/L。与传统工艺相比，能够提高污泥浓度，且在发生污泥膨胀后可避免活性污泥流失。由于制药废水水质和水量具有较大的波动性，污泥浓度的提高，增加了反应器的处理能力，并可承受较高的抗冲击负荷。
3提高了难降解有机物的净化效率高，缩短了水力停留时间制药废水中的难降解有机物被截留在反应器内，获得了比传统生物法过多的与微生物接触的时间，有利于某些专性微生物的培养，提高难降解有机物的净化效率。此外，由于难降解有机物的净化效率高，在保证出水水质的前提下，MBR可缩短HRT。干建文]采用自组装300L的MBR对头孢类制药废水厌氧处理出水进行处理并与传统活性污泥法进行比较。在COD去除率达90%的前提下，传统活性污泥法的HRT为80h，而MBR的HRT为35h。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
4利于硝化细菌生长，NH3-N去除效果好:MBR的膜不能对NH3-N产生截留作用，导致MBR具有较高的NH3-N去除率的主要原因是反应器内存在大量硝化细菌。在膜的分离作用下，生长缓慢的硝化细菌被停留在反应器内，为其生长繁殖创造了有利条件。硝化细菌在反应器内的大量累积，使MBR对NH3-N具有很高的去除效果。范举红等利用活性污泥法-水解酸化法-MBR组合工艺处理某化学制药厂废水，进水氨氮浓度为72.8~92.4mg/L，结果发现几乎所有氨氮都在MBR池被除去，出水氨氮浓度为1.4~4.1mg·L-1，总去除率为94.5%~97.6%。