生化法主要是通过微生物代谢作用降解污水中的有机污染物，目前应用比较多的是UASB及其组合工艺。UASB厌氧反应器具有结构紧凑、有机负荷大、无需机械搅拌、处理效果好以及投资省等优点，在高含量制药废水以及其他工业废水的处理中得到了广泛的应用。杨可成研究用水解酸化调节池+UASB+SBR工艺处理金黄色素废水，进水COD为2.8～16.5g/L，SS的质量浓度为600～1550mg/L，属高含量制药废水，处理后的出水COD小于1g/L，COD去除率稳定在85%以上。Chong-JianTang等研究厌氧氨氧化(ANAMMOX)工艺处理高氮制药废水，处理效果较好，为高氮制药废水的达标排放提供了科学依据。UASB-SBR生化系统是很有代表性的厌氧好氧系统，其运行操作相对简单，运行费用合理，对于高含量制药废水的处理己形成较成熟的工艺控制参数。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
QiPeishi等采用一体式膜生物反应器(SMBR)中试，研究其对高含量制药废水的处理效果，结果表明，该反应器可在低污泥产率较高的容积负荷条件下运行，ρ(VSS)/ρ(SS)和Y0随着HRT的减小呈下降趋势。张彤炬等采用水解酸化预处理、深井曝气法为主体工艺处理华北某制药厂的激素类制药废水，当进水COD为8～10g/L、BOD5为4.8～6.0mg/L、pH为4～6、氨氮的质量浓度约300mg/L时，出水COD≤500mg/L、BOD5≤300mg/L，出水水质可达到GB8978-1996的三级标准要求。李亚峰等采用预处理-UASB-A/O工艺处理成分复杂的药物废水，出水COD、BOD5可满足GB21904-2008要求，预处理采用微电解技术，使COD得到有效地去除，并且提高了废水的可生化性，同时还有良好的脱色效果。Shree-shivadasanC等介绍了升流式厌氧反应器处理制药废水的工程实例，处理效果较好。但是存在一定的问题，由于其有机物成分复杂，限制了反应器的HRT，而理想的出水效果需要较长的HRT。