制药工业相对于其它产业，具有原料成分复杂、生产过程多样、产品种类繁多等特点。制药过程中产生的废水污染物含量高、可生化降解性差、水质水量变化大，是较难处理的工业废水之一。制药工业污染物排放标准体系由6个分标准组成，即发酵类、化学合成类、提取类、中药类、生物工程类和混装制剂类。发酵类制药废水来源于发酵、过滤、萃取结晶，提炼、精制等过程。主要污染指标是pH、色度、BOD5、COD，SS、动植物油、氨氮和TOC含量，急性毒性，总锌含量和总氰化物含量等。成分复杂，碳氮比失物化处理法通常情况下是用于高含量或生化性较差制药废水的预处理，也可用于后续的深度处理。主要的物理化学处理方法有混凝、吸附、气浮、离子交换及膜分离法等。混凝是目前比较成熟的一项废水处理技术，通常作为预处理工艺。苏焱顺等采用混凝沉淀工艺预处理某制药企业中高含量制药废水，COD的去除率可达到40%以上。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
魏新渝等对Osmonics的DK和DL纳滤膜深度处理抗生素制药废水的效果进行试验研究，结果表明，在相同条件下，DK膜的通量随时间的下降幅度较小，截留率较大;随着溶质含量或溶液温度的升高，纳滤膜的通量下降幅度增大，截留率增大。膜分离技术可精细到分子水平，在污染物分离过程中无需添加任何药剂，且无任何相变，在制药废水深度处理方面有很大的发展空间。周瑜等研究ABR-MBR联合工艺处理高含量制药废水，进水COD为2500mg/L左右，可生化性差，出水水质达标。DolarD等研究了混凝-微滤预处理后采用反渗透和纳滤处理制药废水，出水效果很好，污染物去除率基本达到100%，并成功进行了膜清洗。