煤制油废水的来源主要包括两种，一种为反应前注入的水，另一种即反应过程所生成的水。不同来源的水，所含有害物的种类不同。以脱酚环节为例，该过程所产生的废水，酚浓度极高，而硫磺回收等环节所产生的废水，有害物则以硫为主。根据国家标准要求，煤制油过程所排出的废水，含硫、酚等有害物的量，均需控制在一定标准以内。
废水处理方案
可采用混凝-气浮的方法，将废水中存在的杂质以微型颗粒去除，进而降低废水中微型颗粒的含量，提高排放水的质量。依照上述原理，主要设计了以下几种废水处理方案：(1)粉末活性炭-活性污泥法：废水流入处理系统当中，进入曝气池，与活性炭反应，进入沉淀池，沉淀后的污泥回流至进水区域。沉淀后所得的水，可直接排出反应装置。(2)水解-好氧生物处理：废水流入处理系统当中，进入酸化器。酸化后的水，进入曝气池与沉淀池，最终排出反应装置。(3)传统活性污泥法：废水流入处理系统当中，经过曝气池与沉淀池，最终排出反应装置。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
实验设计
分为预处理实验以及生物处理实验两种实验，具体如下：
(1)预处理实验①将废水加入进水箱。②经过泵处理后，进入反应器与化学药剂搅拌，使两者产生反应。③进入气浮池，在空压机的作用下净化废水。④处理后的废水自动排出反应装置。
(2)生物处理实验①污泥的培养与驯化：将泥、水等加入曝气池中反复闷曝，经过一系列处理后得到污泥并驯化。②指标测定：在污泥培养与驯化期间，测定并记录相应指标，包括进水CODcr、出水CODcr以及去除率等。③生物处理：搭建生物处理平台，采用清水评估平台使用性能。