制药废水主要呈现出了这样一些特点：(1)有机污染物浓度高。生产过程中残留的反应不完全的原料，包括发酵残余基质及营养物，溶剂萃取余液及染菌倒罐废液等，以及大量副产品，小部分成品都会随水流出，导致废水COD浓度一般都在5000mg/L以上;
(2)难生物降解物质、有毒有害物质多。制药废水中残留的药物如抗生素、卤素化合物、醚类化合物、硝基化合物、硫醚及矾类化合物、某些杂环化合物和有机溶剂等，大多属于生物难以降解的物质，如在达到一定浓度后会对微生物产生抑制作用。此外，卤素化合物、硝基化合物、有机氮化合物、具有杀菌作用的分散剂或表面活性剂等对微生物是有较大的毒害作用的，给制药废水的生化处理带来了很大困难;
(3)冲击负荷大。由于生产工艺的需要，制药生产废水通常是间歇排放，温度、污染物浓度和酸碱度随时间变化较大。此外，发酵罐染菌的倒罐废液等大量高浓度短时间集中排放的废水会造成极大的负荷冲击;
(4)色度高，异味重。制药废水由于生产需要使用了大量的化学药剂和动植物组织等作为原材料，这些材料流入到废水中会产生较大的异味和较深的色度。并且经一般污水处理流程后难以彻底去除，对环境影响较大;具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档术文档。
(5)悬浮物浓度高。抗生素、中药等制药废水中往往夹带大量的微生物菌丝体或中草药残渣，废水中SS较高。如青霉素生产废水的SS一般可达到5000~23000mg/L。