苦咸水的化学组成与浓度分布受气象、地形地貌、水文地质条件及人类活动等因素的控制.由于形成条件的不同，造成各地区苦咸水的给水水质差异显著.由此导致BWRO过程中膜面污染现象随场域进水水质影响较大。
进水来源及污染倾向苦咸水大部分来源于地下水，可能由于天然盐碱含水层、海水入侵或人为影响(过度使用和灌溉)等因素使地下水变咸.表层苦咸水不太常见，但也可能成因于天然或人类活动等因素.当采用开放式表层苦咸水直接取水法后，运行过程中发现，即使在添加化学药剂预处理的条件下，RO膜元件仍发生了严重的膜污染现象.因此，BWRO淡化厂开始较多采用地下井水取水法，从而改善了膜元件在运行过程中的分离性能和稳定性.地下井水取水法和开放式表层苦咸水直接取水法最大的不同在于给水中有机物和颗粒物含量的不同.从类似于井的容器中汲水，天然地经过了多孔介质的过滤作(砂质、黏土和岩石等)，给水中的许多颗粒物质和一些有机物被除去。
苦咸水给水中经常伴随高含量的二价阳离子和单价阴离子，如Ca2+、Mg2+、NO-3和F-离子，必须脱除.而且F-离子浓度过大(>1.5mg·L-1)易导致人体出现氟牙症.常见的水体脱氟方法有化学反应沉淀法、离子交换法、吸附法和膜分离技术等.与海水成分相比，苦咸水TDS值较小，但是研究发现后者成分中CCa2+/TDS、CCO23-/TDS和CSO24-/TDS比率明显较大，这表明海水TDS中主要由一价Na+和Cl-离子构成，而苦咸水TDS中通常是由二价成垢离子Ca2+、CO2-3和SO2-4离子构成。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档术文档。
苦咸水中的一些成分如B(OH)3和SiO2，在不同的苦咸水水源中含量差异较大.详细的特定水域进水成分是BWRO工艺优化中一个很重要的因素.其中，最难被去除的成之一是硼，实验表明无机分子硼能够引起不利的逆反性繁殖再现效应.一般地，NFRO膜对带电荷离子的截留率好于对中性分子的截留率.硼在水溶液中天然以硼酸分子(B(OH)3)的形式存在，在苦咸水中的含量一般在2.4—15.0mg·L-1.由于硼酸分子相对较高的pKa(pKa=9.2)，在中性或酸性溶液中限制了进一步的电解分离.另外，饮用水标准对硼的最低含量要求越来越严格.硼酸分子的电离作用和硼的截留随进水pH的增加而增加;增加pH的不利结果是易于引发无机盐沉淀和膜面结垢。