由于制药废水具有难降解的特点，单一处理工艺有时不能保证出水效果，因此国内外采用组合工艺处理制药废水的研究都比较多。组合工艺主要以化学法和生物法为主体工艺进行展开，达到较好的处理效果。采用超声波混凝工艺处理重庆市北碚区大新药业的制药废水，制药废水COD为6～9g/L，pH为5左右。在超声波辐射时间为1000s，PAC投加量为0.3g/L时处理效果最佳，COD和NH3-N的去除率分别为61.24%、58.63%[29]。施加超声波，可加快废水中有机物的热运动、提高比表面积，有机物与混凝剂碰撞形成共沉物的速率提高，从而强化混凝效果。李亚峰等以100mL的硝基苯原水为研究对象，采用微波-Fenton工艺得到优化实验条件为：微波辐照功率为125W，辐照时间为5min，Fe3+的浓度为20mmol/L，腐殖酸的质量浓度为20mg/L，H2O2的浓度为3.5mmol/L，pH为3～6。此条件下，初始质量浓度为75mg/L的硝基苯降解率达到96.1%，出水质量浓度低于2.0mg/L[30]。Fenton以其氧化快速、省时节能、不带入新的污染物、矿化度高、操作简单等优点受到广大学者的青睐，以Fenton为主体的联合工艺更是近年来研究的热点。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档术文档。
单独采用一般的好氧工艺处理高含量制药废水，对有机物含量有一定的限制，有机物含量过高会对好氧微生物有一定抑制作用，也容易出现供氧不足的状况，曝气电耗大，氧利用率低，处理效果不理想。微电解-混凝组合工艺预处理制药废水，生物处理和活性炭吸附深度处理的研究表明，微电解混凝预处理可减少污染物的毒性，提高废水可生化性，生物处理去除大部分的COD，活性炭吸附法作为处理进一步去除剩余的非生物降解的颗粒[31]。预处理后COD和SS的去除率分别为66.9%和98.9%，组合处理工艺的COD去除率达96%，出水水质达到GB8978-1999三级标准各项指标。采用催化氧化预处理+水解酸化+接触氧化组合工艺处理合成类制药废水，进水COD=25g/L，预处理后COD去除率为85%，处理后出水COD≤0.5g/L，pH为6～9，该系统合理的流程组合充分体现工艺设计的合理性和先进性，并能有效的达到处理制药废水的目的。