普通型大豆低聚糖是以生产大豆分离蛋白的副产物大豆乳清为原料，经脱残留蛋白、脱色、脱盐及真空浓缩而得到，其组成为水分24%、水苏糖18%、棉子糖6%、蔗糖34%、其他18%。由于含有较多的蔗糖，糖尿病人不能直接服用，也不适用于肥胖症患者。而脱除蔗糖的精制大豆低聚糖则可克服上述缺点，适用于所有人群，应用范围广泛。
采用纳滤膜分离技术分离低聚糖中的单糖和双糖。先用300型膜组件一级分离纯化(截留分子量≥342)，再用200型膜组件二级分离纯化(截留分子量≥180)。工艺条件为:操作压力1.5～1.8MPa，温度40～50℃，通量15～20L/min。用300型膜分离时，截留液中可得到高纯度低聚糖(≥90%)。用200型膜分离时，以第一级的透过液为原料，分离去除单糖，截留回收双糖和三糖及以上的糖，得到普通低聚糖(≥45%)。
采用从米曲霉中提取的β-D-呋喃果糖苷酶(E.C.3.2.1.26)有效地将蔗糖水解成葡萄糖和果糖，并将果糖转移到蔗糖分子的果糖残基上，通过β糖苷键连接1～2个果糖基，形成蔗果三糖和蔗果四糖，该法可降低糖浆制品中蔗糖的含量，提高低聚果糖的含量，可将其中60%的蔗糖转化为低聚糖，使得最后产品的纯度接近精制大豆低聚糖。利用面包酵母对大豆低聚糖进行发酵，可分解大部分的蔗糖，而水苏糖和棉子糖则无明显变化。
