在天然色素的生产工艺中，需要脱除萃取过程中产生的不纯物和杂菌，在合成色素的生产工艺中，最后的除菌工序也是必不可少的。通常使用的硅藻土过滤，可在0.02～0.03Pa的低压下产生300～600l/m3·hr的透过量，故作为简便的杂质脱除方法沿用至今。但硅藻土过滤不可完全除菌，还需加一级除菌过滤。
使用带有微滤膜的板框式膜分离设备，不仅可得到与硅藻土过滤相同的透过通量，而且具有硅藻土过滤所不具备的除菌功能。因此在食用色素的精制工艺中，PF膜分离装置广泛取代了硅藻土过滤。
在色素生产工艺中PF膜装置的过滤通量是100l/m2·hr，与硅藻土过滤相比亳不逊色，特别是对固形物浓度较低的料液，与采用全过滤方式相比，采用横流过滤方式的PF装置由于料液横流使得膜表面的堵塞大为减少，可提高过滤速率。同时PF装置可同时进行除菌，不需另设除菌过滤工序，达到减化流程、降低成本的目的。此应用例与染料脱盐工艺中的纳滤膜应用一样，是膜分离技术应用的成功事例。
在微滤膜的应用实例中，绝大多数产品是利用膜的透过液，但在某些情况下，如生物发酵液中菌体再利用的场合，是利用膜的浓缩液。对利用浓缩液的生产工艺中，膜法更显示独特的优越性。因为硅藻土过滤，不能分离菌体单体，而离心分离又容易损伤菌体。可以预想，今后微滤膜的应用方向将要从传统的全过滤方式向横流过滤方式转换。
