膜生物反应器(MBR)作为保证出水水质达到一级A标准的高新技术，在全球以及中国市场获得了快速发展，但其作为一种高技术含量的工艺，面临的挑战也不容忽视。
一、膜生物反应器发展中存在三方面的风险
1、是处理能力降低的风险。污水处理厂的流量会随着季节、进水的组成及处理规模的大小等因素而有所变化，这种流量的变化对MBR的运行有较大的影响。MBR工艺存在着一个极限的通量，超过这个极限或者由于膜污染导致膜通量下降，那么多余的水就通不过膜孔径。
2、是较高的投资成本与运行成本。目前，膜组器是技术含量高、价值大的部分，其成本占整体设备投资的比例很大。此外，MBR的自动化程度较高，需要较为先进的设备，也增加了投资成本。
3、是预处理与自控系统设计不周全这种易忽视的风险。预处理是MBR工艺非常重要的一个环节，需要格外重视。国内外有不少MBR工艺由于不重视预处理造成了严重的后果
二、MBR膜生物反应器的功能
MBR生物反应器为膜分离技术与生物处理技术有机结合之新型态废水处理系统。主要利用浸没在好氧生物池内的膜分离设备截留槽内的活性污泥与固体物。因此系统内活性污泥(MLSS)浓度及污泥龄(SRT)将可提高2～4倍以上，相对水力停留时间(HRT)可大为减少，而难降解的大颗粒物质在处理池中亦可不断反应而降解，因此MBR膜生物反应器通过膜分离技术大限度的强化了生物反应的功能。