合脱色法制药废水的处理要求越来越高，难度越来越大，为了使得其处理的更加彻底，如今的处理方法都不会采用一种，大多都是两两结合或者更多，这就是复合脱色法。
一般而言，制药废水的处理与脱色都是一起处理的，如朱雷等人的Eu掺杂ZnO光催化剂降解制药废水中用水热法将醋酸锌(Zn)和六水合硝酸铕(Eu)制成复合纳米棒光催化材料粉体，结合氢氧化钠沉淀剂来处理废水，结果表明，水热反应温度为160℃时，3%的Eu加上ZnO合成的复合纳米棒光催化材料效果较满意，时间为6h，波长为365nm处紫外灯光照射时间为150min是其脱色率达38.8%，COD的清除率达57.5%。单一的废水处理也同样可以使用复合脱色法，在肖玉峰的制药废水处理中使用了水力空化技术与臭氧氧化法。水力空化技术的原理是流体的压降现像在液体外部压力低于饱和蒸汽压的条件下会演变出一系列复杂的变化，变化过程大致如下产生压降现象后，流体中的气体会发生膨胀甚至溶出，当周围压力增大时，空化泡的体积会急剧减小甚至消失，在这一瞬间所产生的超大压强会使得其产生一系列反应，实验结果表明此法对COD的清除率为49.95%。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
关晓琳等人在研究制药废水的处理时采用了膜法富氧曝气与好氧-厌氧-好氧相结合的方法，曝气是指将空气中的强行注入向中的过程，其目的是获得足够的溶解氧，此研究中将板式富氧膜与膜生物反应器相结合处理废水，结果表明在COD为2000～2500mg/L、反应时间30～45min，富氧曝气的效果达到峰值，COD去除率在83%之上。林旭龙采用了混凝法与生物接触好氧法进行废水脱色处理，生物接触好氧法是指在曝氧法的基础上，形成生物膜以后，投放微生物，使得微生物吸附在生物膜上起到活性污泥与生物过滤的作用。研究表明水力停留时间越长，反应越稳定，对有色基团的清除率越高，最高可达88.6%。