复合脱色法制药废水的处理要求越来越高，难度越来越大，为了使得其处理的更加彻底，如今的处理方法都不会采用一种，大多都是两两结合或者更多，这就是复合脱色法。一般而言，制药废水的处理与脱色都是一起处理的，如朱雷等人的Eu掺杂ZnO光催化剂降解制药废水中用水热法将醋酸锌(Zn)和六水合硝酸铕(Eu)制成复合纳米棒光催化材料粉体，结合氢氧化钠沉淀剂来处理废水，结果表明，水热反应温度为160℃时，3%的Eu加上ZnO合成的复合纳米棒光催化材料效果较满意，时间为6h，波长为365nm处紫外灯光照射时间为150min是其脱色率达38.8%，COD的清除率达57.5%。单一的废水处理也同样可以使用复合脱色法，在肖玉峰的制药废水处理中使用了水力空化技术与臭氧氧化法。水力空化技术的原理是流体的压降现像在液体外部压力低于饱和蒸汽压的条件下会演变出一系列复杂的变化，变化过程大致如下产生压降现象后，流体中的气体会发生膨胀甚至溶出，当周围压力增大时，空化泡的体积会急剧减小甚至消失，在这一瞬间所产生的超大压强会使得其产生一系列反应，实验结果表明此法对COD的清除率为49.95%。
关晓琳等人在研究制药废水的处理时采用了膜法富氧曝气与好氧-厌氧-好氧相结合的方法，曝气是指将空气中的强行注入向中的过程，其目的是获得足够的溶解氧，此研究中将板式富氧膜与膜生物反应器相结合处理废水，结果表明在COD为两千～两千五百mg/L、反应时间30～45min，富氧曝气的效果达到峰值，COD去除率在83%之上。林旭龙采用了混凝法与生物接触好氧法进行废水脱色处理，生物接触好氧法是指在曝氧法的基础上，形成生物膜以后，投放微生物，使得微生物吸附在生物膜上起到活性污泥与生物过滤的作用。研究表明水力停留时间越长，反应越稳定，对有色基团的清除率越高，最高可达88.6%。制药废水的处理是当今社会较为关注的问题，现代化工业长期的发展使得废水处理和脱色的方法不断更新，如今大多数的制药废水处理都采用复合法，单一处理的方法已经不能满足现代工业处理的要求和程度。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
实际生产中，通常采用某一种方法与高级氧化法联用，操作简单，节省时间，处理效果较好。相对于复合法来说，少数单一的方法如今几乎已被淘汰如膜过滤法、保险粉法等，而一些新兴的生物处理法，如植物修复法，操作繁琐且较难控制，目前应用并不十分广泛。但生物处理法是未来处理工业废水的主要研究和发展方向之一，具有巨大的潜力和环保作用，也符合国家“节能减排”的政策，值得大力推广。实际上，制药工业废水自身具有显著的特点，若仅采用传统工业废水处理的方法既不能保证处理的效果，也不符合制药企业的要求，且处理成本高，清除效率差，极大的浪费人力和物力。目前，我国还没有制订专门针对制药废水处理的标准和体系，导致各药企仅按普通工业废水的标准进行处理，这一现象十分普遍，且还未见有较好的解决方法。希望各药企和政府部门共同努力，积极配合，全面研发，早日完善制药工业废水处理的标准，提高我国制药工业废水处理的效率，降低排放，保护生态环境。