活性炭吸附技术：作为一种炭质的多孔吸附材料，活性炭的表面具有巨大的孔隙结构，且由于孔隙结构的高度发达具有很强的吸附能力。能够有效减少废水中的色度、臭味、消毒副产物、重金属等。利用三级活性炭过滤处理制药厂的二级生化出水实验进行研究，能够得知经过过滤后的出水化学需氧量在40mg/L的质量浓度之下。但是，关于活性炭的处理成本问题，在当前的应用发展中有一定限制。
膜分离技术主要出现在二十世纪六十年代后得到迅速发展，并同时具有精致、浓缩、分离等特质，操作过程较为简单，能够通过分子的环保节能高效操作，使其更容易被控制。当前的膜分离技术，在废水处理的过程中主要通过反渗透、微滤等作用将细菌杂质等悬浮物进行沉淀去除。并对其中的矿化度减弱，进而减少总溶解固体。通过反渗透处理技术和超滤，去除，有机物和悬浮物，最终使反渗透的二级出水脱盐率至90%，水的回收率维持70%。并保证其中的氮化物、含氯合化物具有良好的脱除特征。另外，膜生物反应器是将传统的污水
处理技术与新型污水处理工艺相结合，从而形成的生物单元有机水净化功能，并将研究对象进行扩展，对工业废水、生活废水进行良好处理。例如，将浸没一体式工艺应用在某制药厂的污水处理工作中，最终发现DO的浓度质量是8，出水COD去除率是93%。出水的BOD去除率是94%。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
当前的制药废水处理即使经过二次处理也无法达到新的排放标准，但考虑到当前的预处理中废水的出水可化性较强，所以还应首先考虑生物处理方式，并且这种方式在废水处理中效果更明显，处理成本也较小，具有稳定的处理效果。这些优势都是其余处理技术无法比较的。因为好氧的生化处理能够对中低度废水处理更加明显，所以在深度的废水处理工艺中，应使用预处理、好氧深度处理的结合技术是比较适合的。当前的深度研究处理中主要是利用曝气生物滤池、生物活性炭法、膜生物反应器以及生物接触氧化法进行。
通过上述的废水处理技术可以发现，单一的废水处理难以得到深度的处理效果，并且会受到成本效益、排放达标等各种因素的影响。当前阶段的研究多是将各种工艺进行组合优化，并将单元技术经过组合处理，利用高级氧化工艺等，对制药废水进行相互协同处理应用。这种联合工艺的良好性能使其具有更好的化学稳定性，处理可生化性较差的污染物，成为当前的探究热点。