物化法是一种针对可生化性比较差且生物毒性比较强的制药废水的预处理或后处理工序。物化法预处理能提高废水的可生化性、消除其毒性;物化后处理能使多数经生化处理后不能达标的处理出水，实现达标排放的要求。优点是占地面积少，出水水质好且比较稳定，对废水水量、水温和浓度变化适应性强。缺点是处理成本高，操作管理比较复杂。
混凝沉淀法一方面可以有效的降低污染物浓度，另一方面可以改善制药废水的生物降解性能。在制药废水处理中常用的混凝剂有：聚合硫酸铁、氯化铁、聚合氯化铝、聚合氯化硫酸铝铁、聚丙烯酰胺(PAM)等。吴敦虎采用自制的聚合氯化硫酸铝(PACS)和聚合氯化硫酸铝铁(PAFCS)处理大连制药厂废水，一次处理的混凝剂投加量为300mg/L，沉降时间为150min，COD去除率均在80%以上;二次处理的混凝剂投加量分别为100mg/L和75mg/L、100mg/L和90mg/L，COD去除率均在93%以上，达到国家一级排放标准。但混凝沉淀法在处理过程中会产生大量的化学污泥，造成二次污染。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
气浮法是在废水中通入大量微细气泡，使其粘附废水中的污染物，造成因粘合体密度小于水、上浮到水面而实现固-液或液-液分离的废水净化过程。气浮法适用于悬浮物含量较高的废水的预处理，具有投资少、耗能低、工艺简单、维护方便等优点。气浮法通常包括:布气气浮、溶气气浮、化学气浮、电解气浮等多种类型。李向东的研究结果表明，制药废水水量为100m3/d，COD为8000～15000mg/L，经气浮法处理后，COD去除率可达50%以上。但此方法不能将废水中可溶性有机物有效地去除，还需要用其他的方法作进一步的处理。