膜生物反应器技术作为一种新型、高效的水处理技术虽然已成功地应用于废水处理系统，但是膜在运行过程中容易受到污染，造成膜通量下降，甚至无法继续使用;而依靠更换膜组件来恢复反应器的运行，势必会增加反应器的造价及运行周期中断，直接影响膜组件的效率和使用寿命，阻碍其在实际中的应用，因此膜组件的污染也必须进行清洗。
由于MBR膜组件清洗主要建立在实践的基础上，下面只介绍几种方法
方法一：在线匕下对流式空曝气
此方法是指按一定的周期停止进出水，加大曝气强度，利用特殊的膜机架水流条件连续进行曝气2～3h，以冲脱沉积在膜表面上污泥层的方法。此法较简单，无需任何配套设施，运行中优先采用。
方法二：在线化学清洗
让其药剂从膜的一端流向另一端的连续循环过程中和膜内表面充分接触，杀死并氧化滋生在膜面上的微生物，再使微生物残体和溶液同时从膜内部排出。
在线化学清洗的优点如下
①不像外活灵浸渍化学清洗一样清洗时需要一定的配套工具而清洗较麻烦。
②外浸渍化学清洗如没采用吊车吊到外面进行清洗，需单组拉上来进行清洗，由于膜表面附有部分污泥，拉上来时膜组件会很重，为防止损坏膜片连接件，需特别小心(特别是三片装以上的膜片需要2个人操作才能完成)。如采用吊车清洗效果会不理想，附着在膜表面的污泥无法完全清洗掉。而在线化学清洗不会产生以上现象，简单方便。
③在线化学清洗时间较快，清洗时可以借助集中嗶气系统进行曝气联合化学清洗，效果非常明显，不但节省了大量的人力、防止了清洗时不小心造成膜连接件与膜丝的破坏，还避免了清洗时对场地环境所造成的污染。
方法三：外浸渍化学清洗
此方法是指用清水对膜片表面进行冲洗，除去膜片表面附着的活性污泥;再用一定浓度的溶液浸泡1～2。杀死附着在膜表面与膜内表面的细菌;然后再用一定浓度的溶液将膜片浸泡2h，除去附着在膜片表曲的有机物和胶体物质，再用清水对膜片进行冲洗。
方法四：离线化学清洗
当膜丝污染严重，采用常规方法不能解决问题时，则需要采用专业化学药剂进行清洗，或是用杀菌剥离剂进行处理。