一些制药废水直接采用好氧方法进行处理并不能收到好的效果，厌氧生物处理技术的引入，则大大地降低了在废水处理方面工艺及技术难度，同时也减少了后续处理单元的费用，对生物制药废水的生物处理起到了极大的推动作用。表2是部分生物制药废水厌氧处理的情况。一般国内外对制药废水的终端治理都采用生物处理技术或物化加生物联合处理技术。制药废水总体上看污染物以有机物为主，虽含有难降解有机物和抑制微生物生长的物质，但一般经适当的预处理和菌种驯化，用生物法处理可得到良好的处理效果。
由此可见，在加强管理的基础上，采用适当的处理工艺，制药工业的废水污染去除率可达90%以上，技术上是可行的，也是应该做到的。从表3可以看出，国内的制药废水处理主要体现了以下特点：(1)制药废水的处理工艺多以厌氧一好氧组合为主要工艺路线，这也由制药废水浓度高、难降解的特点所决定的。(2)大部分制药废水在采用一般厌氧一好氧的联合处理方法后都需进行一定的后处理才能达标排放。(3)厌氧一好氧组合工艺特点如下：1)水解酸化一好氧工艺，主要用于处理COD浓度在1000～4000mg/L以下的制药废水。工艺相对简单，但好氧出水仍需一定的处理才能达标排放。2)厌氧消化(产甲烷)-好氧处理法主要用于处理COD浓度3000mg/L以上的制药废水，其中厌氧段可以承受很高的COD负荷，大幅降解COD，经过后续的好氧处理及后处理便可达标排放。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
国内对高浓度抗生素有机废水的处理处于工程实践阶段，目前已建成的以好氧工艺为主的工程，投资和处理成本高。高浓度的抗生素有机废水经处理后，出水CODCr仍高达1000～4000mg/L，不能直接外排，还需要进一步处理，以保证达标排放。目前仅有一小部分抗生素废水的治理取得了较为满意的效果，大多数抗生素废水仍难以治理。目前抗生素废水的处理均需经过稀释，大大增加了处理费用。由于废水中的残余抗生素和盐类以及一些添加剂严重抑制厌氧微生物的正常代谢，且没有一套成熟的方法较完全的提取抗生素残渣，因此抗生素废水的处理仍是一个难题。目前国内外对抗生素类工业废水的处理主要采用厌氧、好氧或厌氧与好氧联合工艺。抗生素种类繁多，因此各厂家生产的抗生素品种一般不同，废水毒性也各异，因此针对某种抗生素生产废水，研究、开发一些处理效果好，厂家经上能承数抗生素废水的处理方法，具有重要的现实意义。