1制药废水的来源:生物法制药的废水可分为提取废水、洗涤废水和其他废水。废水中污染物的主要成分是发醉残余的营养物，如糖类、蛋白质、脂类和无机盐类(Ca2+、Mg2+，K+，Na+，SO42-，HPO42-，Cl-，C2O4等)，其中包括酸、碱、有机溶剂和化工原料等。
1.1提取废水:提取废水是经提取有用物质后的发酵液，所以有时也叫发酵废水。含大量未被利用的有机组分及其分解产物，为该类废水的主要污染源。另外，在发酵过程中由于工艺需要采用一些化工原料，废水中也含有一定的酸、碱和有机溶剂等。
1.2洗涤废水:洗涤废水来源于发酵罐的清洗、分离机的清洗及其它清洗工段和洗地面等，水质一般与提取废水(发酵残液)相似，但浓度较低。
1.3其他废水:生物制药厂大多有冷却水排放。一般污染段浓度不大，可直接排放，但最好回用。有些药厂还有酸、碱废水，经简单中和可达标排放。在生物制药废水中，维生素C生产废水有机污染也十分严重，综合废水的COD含量可达为8000～10000mg/L，含甲醇、乙醇、甲酸、蛋白质、古龙酸、磷酸盐等物质，废水偏酸性。
2制药废水水质特征:生物制药废水一般成分复杂，污染物浓度高，含有大量有毒、有害物质、生物抑制物(包括一定浓度的抗生素)、难降解物质等，带有颜色和气味，悬浮物含量高，易产生泡沫等。
2.1COD浓度高:以抗生素废水为例，其中主要为发醉残余基质及营养物、溶媒提取过程的萃余液、经溶媒回收后派出的蒸馏釜残液、离子交换过程排出的吸附废液、水中不溶性抗生素的发酵滤液、染菌倒灌液等。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
2.2SS浓度高:其中主要为发酵的残余培养基质和发酵产生的微生物丝菌体。如庆大霉素SS为8000mg/L左右，对厌氧EGSB工艺处理极为不利。
2.3存在难生物降解物质和有抑菌作用的抗生素等毒性物质:对于抗生素类废水来说，由于发酵中抗生素得率较低(0.1%～3%)、分离提取率仅为60%～70%，大部分废水中的抗生素残留浓度均较高。
2.4硫酸盐浓度高:如链霉素废水中的硫酸盐含量为3000mg/L左右，最高可达5500mg/L;土霉素为2000mg/L左右;庆大霉素为4000mg/L。
2.5水质成分复杂:中间代谢产物、表面活性剂(破乳剂、消沫剂等)和提取分离中残留的高浓度酸、碱、有机溶剂等化工原料含量高。该类成分易引起pH波动大、色度高和气味重等不利因素，影响厌氧反应器中甲烷菌正常的活动。