生物法生物法处理过程所需的微生物来源广泛、容易培养、繁殖速度快、环境适应性强、处理成本低，在工业废水的处理应用越来越广泛。根据微生物对氧气的需求可分为厌氧处理和好氧处理。厌氧生物处理具有低能耗、高负荷、污泥量少等优点，但是处理所需时间较长，构筑物体积大，常作为其他生物处理的预处理。好氧生物处理效率高、工艺运行成熟，但是又存在剩余污泥量大等缺点。
乳化液废水污染物浓度高，直接进行生物法处理，对活性污泥的负荷很大，导致活性污泥死亡，达不到预期的效果。对采用物化处理方法进行一级处理的仍然不能达标排放的乳化液废水可采用生物法进行二级处理，此法可称之为生化组合工艺。朱靖等采用混凝气浮一SBR一过滤工艺处理乳化液废水，COD、BOD、油由22400mg/L、2680mg/L、1420mg/L降到137mg/L、25mg/L、0.8mg/L，去除率分别达到99.38%、99.06%、99.94%。成文等对经过氯化钙和明矾破乳、PAC和PAM混凝处理的出水进行处理，采用水解一好氧一活性炭吸附可使出水COD达50—70mg/L、SS为75mg/L、石油类为5.4mg/L、色度5倍。马士龙采用物化一生化组合工艺处理不同来源乳化液废水，生化处理系统耐冲击负荷强，出水稳定，最终出水能够满足上海市化工区污水纳管标准。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
其他方法除了以上一些传统方法以外，燃烧法也是处理乳化液废水的方法之一，将废液蒸发浓缩再进行燃烧处理。该方法处理效果比较彻底，但是弊端比较多，能耗大，会有二次污染污染空气，因此燃烧法处理乳化液废水并未得到广泛应用。