国内脱硫废水实际处理方面，仅有少数电厂采用灰场处置、水力除灰等方法处理，其余大多数电厂设置了单独的脱硫废水处理系统，以化学沉淀法最为常见，此外还有流化床法、膜分离法、离子交换法和电絮凝法等。
化学沉淀法是目前最常用的脱硫废水处理工艺，俗称三联箱沉淀法，主要是通过中和、沉淀、絮凝等工艺去除脱硫废水中的重金属和悬浮物等污染物脱硫废水一般呈酸性，且含有多种重金属离子，在中和处理阶段向废水中加入石灰乳或其他碱性剂(氢氧化钠等)调节废水至碱性，一般调节pH值至9.0～9.5。使多数重金属离子如Cu2+、Ni2+、Cr3+等以氢氧化物沉淀形式从废水中分离。采用石灰乳为碱性剂时原料廉价易得，在投加絮凝剂、助凝剂的条件下，可沉淀部分CaCl2，从而使废水中的Cl-得以去除。因此在实际应用中多采用石灰乳为碱性沉淀剂。采用石灰乳的缺点在于石灰乳流动性差，容易沉淀，易造成加药管道堵塞。因此，在实际运行中，需要定期清洗石灰乳加药管道。值得注意的是，并非所有重金属都能以氢氧化物沉淀的形式去除，其中汞很难采用中和沉淀法达标外排。因此，废水经中和处理后进入反应池，通过向废水中投加硫化物，使废水中的Hg2+与S2-生成难容的HgS沉淀，硫化物主要包括有机硫化剂(如TMT-15)、硫化钠、硫化亚铁或硫化氢等，由于硫化钠等无机硫化物具有毒性，为避免二次污染，实际运行中以添加有机硫TMT-15应用最为广泛。
经化学沉淀反应后，废水通过絮凝和浓缩/澄清阶段，澄清池中上清液由上部溢流进入净水箱，再经过pH调解后达标排放。由于废水中存在SO2-3、Mn2+等还原性物质及少量有机物，ρ(COD)可高达600mg/L以上，因此需增设相应氧化处理工艺，实际运行中主要通过鼓入空气或投加次氯酸钠等方式进行处理。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档术文档。
化学沉淀法具有操作简单、运行费用低等优点，但是其系统复杂、建设和运行费用高。而且在实际运行中也存在较多问题，如出水中SS和COD往往不能稳定达标排放。而且采用三联箱沉淀法，污泥产生量大，且脱水困难。因此，要解决目前脱硫废水处理中存在的问题，一方面要加强设备管理，规范操作;另一方面，需开发新型高效的处理工艺。如Guan等采用水溶性壳聚糖处理脱硫废水，出水中Mn2+和Zn2+的去除率可分别达95.6%和99.9%。
徐宏建等采用氯化钙对脱硫废水进行二次除氟，以确保出水中F-达标排放。