人工湿地法：该方法是1953年由德国的MaxPlanck研究所提出，利用湿地中土壤、人工介质、植物、微生物的物理、化学和生物三重协同作用，对废水中污染物的吸附、滞留、过滤、氧化还原、沉淀和微生物分解等作用从而实现废水净化。该工艺流程简单，系统运行维护费用低，出水水质好，特别是对Hg、Se处理效果好。但是人工湿地修建时间长，占用面积大，一次性投资多，适合在远离人口密集地区投建运行。次外，人工湿地对周围土壤、水体的潜在影响很难在短时间内判断。因此，其应用仍具有一定局限性。
单质铁法：近年来单质铁法用于去除地表水中重金属取得成功，Huang等人采用单质铁法处理脱硫废水，并在美国佐治亚电力公司中试取得良好效果。单质铁法用于脱硫废水处理效果好，重金属去除率高，特别是对硒、汞等难处理元素去除效果好，满足出水水质要求较高的国家和地区。但该方法在实际操作中单质铁和碱液的消耗量大，杂质离子影响处理效果。
微滤膜法：利用微滤膜法处理脱硫废水需要先对废水进行混凝沉淀预处理，然后再进入微滤膜系统进行深度处理。研究结果表明，该方法对脱硫废水处理效果好，满足欧美国家废水排放标准。微滤膜法工艺流程简单，操作方便，但镁、铝、硅、铁以及硫石膏等垢类物质对微滤膜的污染严重，微滤膜的成本又偏高，因此其应用有一定局限性。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档术文档。
采用生化法处理烟气脱硫废水需首先对废水进行混凝沉淀与处理，然后溢流水再进入生化反应器进行处理。该方法主要是通过预处理去除大部分悬浮物以及重金属，再通过微生物的代谢和分解作用去除废水中部分可溶性盐、含氮化合物以及有机物，此外，微生物对重金属的吸附以及其代谢产物对重金属的络合，降低废水中的重金属含量。生化法具有高效、无二次污染、显著提高出水水质的优点，但该工艺流程长，管道设备多，占地面积达，处理效率低，总体应用效果有待于进一步研究。