由于养殖废水中的剩余残饵和养殖生物排泄物等大部分以悬浮态大颗粒形式存在，因此采用物理过滤技术去除是最为快捷、经济的方法。常用的过滤设备有机械过滤器、压力过滤器、沙滤器等。在实际处理工程中，机械过滤器(微滤机)是应用较多、过滤效果较好的方式。沸石过滤器兼有过滤与吸附功能，不仅可以去除悬浮物，同时又可以通过吸附作用有效去除重金属、氨氮等溶解态污染物。
过滤装置是从传统的砂滤池不断发展起来的，其基本原理是阻隔吸附作用。在处理水产养殖水体中，用砂滤池能很好地去除SS，但是去除N和P效果不佳;改用斜发沸石去可以吸附一定量的氨。Palacios等在砂滤床种植植物，控制渗透率和干湿循环时间，在水力负荷为3.5 cm/d，去除93%总磷;在处理鲑鱼养殖废水中，其水力负荷分别为1.35、25、80~240和2000~2700 cm/d，SS去除效果差异性不大。
对于机械过滤装置，美国开发的一种筒状的过滤机，筒体四周附有滤网，筒体置于水中工作时，部分滤网浸没在水中，废水从开口端流入筒内，污物被留在网上，过滤过的水又回流到池中，而污物被喷头冲到漏斗内而排出。瑞典一种高度为3140~4725mm，直径900~1910 mm的过滤机在工作时，污水由装置的下部经过中心管和吸附污物的砂混合在一起，由升液器上升到装置上部，在此分离，污物清除后，经管道流入沉淀池，沙子靠锥形分解器的作用均匀降下，上升的水和下降的沙相遇，这样，水被净化后从另一根管道放回到鱼池。日本有一种过滤机，其工作原理是水泵将池水吸上后，经喷洒管喷入过滤池，过滤池内一层小颗粒沸石和一个特制过滤器，过滤后的水流回养鱼池。