(1)沉淀法沉淀法是指向废水中加入某些化学物质，与废水中的污染物发生化学反应，从而产生沉淀，分离、滤除杂质以到达净化的作用。与吸附法相比两者都具有沉淀的作用，但沉淀法是一个产生化学变化的方法，其中最为关键的就是尽量减少新物质的引入，如废水中的砷一般与铝盐沉淀剂(一般为硫酸铝、硝酸铝等)反应生成AlAsO3、AlAsO4等化合物沉淀。王莘淇使用磷酸铵镁沉淀法处理废水，研究表明在适宜的pH环境下清除PO43-达90%，清除NH4+达15%，投加晶种后清除率可提高20%。沉淀法操作简单，而且所需成本不高，但是由于沉淀物的处理方法过少，分离后有可能造成二次污染。
(2)氧化法氧化法是指利用一些金属离子在某价态时不稳定，加入某些氧化剂将其氧化成稳定价态从而使其沉淀并滤除。此法安全性强，但有些氧化剂的价格较高，且选择面较窄，提高了去污的成本，使用时综合考虑。氧化法一般不单独应用，常与沉淀法合用。在郑春芳人在阿托伐他汀制药废水研究中，主要使用了两种方法，分别是氧化法与氧化-混凝沉淀法(沉淀剂为聚丙烯酰胺、聚合氯化铝、氯化铝)，这两种方法对于COD的清除率分别为85%、35%，总清除率高达91.4%，实验结果表明加入沉淀剂后清除率有较大的提高。吴建新采用高铁酸盐处理制药废水时发现:高铁酸盐为一种强氧化剂，除氧化作用外其对铁离子还具有吸附絮凝的作用，实验结果表明高铁酸盐直接处理废水的效果不太理想，清除率仅为30%，如果用于生化处理出水时清除率可达33%，可使生化性得到些许改善。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
(3)化学吸附法此方法是指污染物与吸附剂之间进行离子交换或电子转移从而形成稳定的配位化合物。化学吸附剂主要以离子交换树脂、纤维素等为主。化学吸附法主要是应用于某些重金属及盐的清除，如砷和铅的清除中经常使用的是离子交换树脂吸附剂。此法清除效果显著，但是主要针对单一物质，运用范围有所限制且成本较高。纪国慧等使用水介质分散型阳离子聚丙烯酰胺作为吸附剂对废水进行初步处理，实验结果表明使用后废水浮渣明显减少、水的清澈度提高，COD的清除率可达75.9%，SS的清除率达98.7%。
(4)高级氧化技术法(又称深度氧化技术法，简称Fenton法)Fenton法是氧化法的一个延伸，是一种高级氧化技术，其原理是氧化剂与有机污染物发生反应使有机物的共轭结构破裂从而达到清除目的。目前，有超声波Fenton法、电Fenton法、光Fenton法、微波Fenton法等应用于实际生产中，这些方法在处理有机制药废水时效果尤其显著。苏荣军等使用Fenton试剂对磺胺甲恶唑废水进行处理，通过调试Fe2+的投加量、H2O2投加量及投加次数、pH值和反应时间等，最终确定pH=3，Fe2+的投入量=0.2mol/L，4次H2O2的投加量=0.1mol/L，反应时长为1h的情况下，COD去除率高达88.9%，由此说明此法对于制药废水的清除较为彻底。陈琳采用了UV-Fenton法(光Fenton法的一种)研究制药废水的处理，同时还用Fenton法进行了对比，通过对两个方法的反应条件及环境的调节以此得到最佳结果，实验结果表明两种方法对于制药废水都有一定的清除，但是UV-Fenton法的去除率高于Fenton法。