治理成本高、效果难保证、运行不稳定：高浓度难降解有机废水水质成分复杂，污染物浓度高、可生化性差、毒性大，一般的处理技术难以保证出水效果，处理必须采用专业性和针对性较强的技术方法。技术往往出现操作复杂、投资费用高、运行费用昂贵、效果难以保证、运行不稳定等问题。此外，还缺乏高端、精细的自动化集成与调控技术，设计参数与实际运行参数往往不匹配，这也是导致工艺与设备运行不稳定的重要原因。
技术创新能力不足，缺乏原创性核心技术和成套设备：目前，我国高效的 废水处理核心技术和成套设备仍然主要依赖国外引进。技术的研发主要以科研院所等为主，这些平台受自身局限性影响集成能力、创新能力，导致自主知识产权的核心技术和关键设备的缺失，环保产业设备制造业结构落后，创新层次低，高端发明少，这也是我国高效废水处理核心技术和设备缺乏的主要原因。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
技术研发与工程应用脱节，新技术的工程示范力度不够，产业化推广难：我国在高浓度难降解有机废水治理新技术示范和推广方面缺乏有效的组织机制，技术成果良莠不齐，以次充好的现象时有发生;新技术推广过程中存在主体不明的问题，环保示范工程多由科研单位来承担而非企业，限制了技术的转化和推广。
技术评估体系不健全、缺乏权威性，造成市场上各种技术良莠不齐：在环境技术评估管理方面做了大量工作，但尚未形成完善、科学、系统的环境技术评估体系，仍然存在评价制度不完善、评价机制不健全、评估技术缺乏广泛性和代表性等问题;技术评估工作还不能实现与环境保护整体战略和环境科技发展战略的紧密结合，远不能满足环境监督、科技进步和环保产业发展的要求。