在纳滤膜技术深度处理废水过程中，膜污染主要是进水中的有机和无机物质黏附在膜表面和孔径上，导致膜通量降低、能耗增加和膜更换周期缩短，其类型一般有无机污染、有机污染和生物污染3种.无机污染主要是废水中的无机离子在膜表面发生结垢，以CaCO3和CaSO4等盐垢最为常见;有机污染指废水中的有机物与纳滤膜相互作用(物理、化学或者机械作用)使污染物在膜表面和膜孔内吸附、堵塞;生物污染指废水中残留的微生物在膜表面吸附和生长.纳滤膜污染的过程比较复杂，无机盐污染物可以在较短的时间内对膜造成污染，而有机物和微生物污染往往需要较长时间的累积效应。当纳滤膜技术深度处理城市污水和工业废水的二级生化出水时，出水有机物是造成纳滤膜有机污染的主要物质。
Chon等指出，纳滤膜污染主要由二级生化出水中的有机物造成，其中多糖类物质是NF膜污染的主要物质.王健行等对纳滤膜深度处理抗生素制药废水研究发现，膜污染类型主要为有机污染，其中可溶性微生物代谢物(SMP)和芳香类蛋白质Ⅱ类物质是产生膜有机污染的主要物质.虽然多种研究表明EfOM主要包括腐殖酸、蛋白质和碳水化合物3大类物质，但对各有机污染物含量的研究较为缺乏.例如，Fonseca等曾指出在一个典型的MBR上清液中多糖含量约占DOC的35%.因此，明确二级生化出水中有机物的种类、浓度及其分布特征，有利于深入研究纳滤膜技术深度处理过程中膜有机污染的特征及形成机理。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
除无机污染、有机污染及生物污染外，二级生化出水中的无机离子与有机物之间还存在相互作用，但它们对纳滤膜污染的影响还有待深入研究.例如Ca2+可与带羧基的大分子有机物发生架桥作用，改变大分子有机物的形态，进而影响膜污染的形成;Law等(研究证明无机离子的存在可影响有机污染，例如Ca2+、Mg2+能中和腐殖酸所带的负电荷，使静电斥力降低，导致有机污染层更为紧密.由于纳滤膜是一种带电荷的有机膜，膜表面、进水中的有机物、无机盐之间存在复杂的相互作用，使得纳滤膜的污染较其他压力驱动膜更为复杂。