由于不同的制药企业废水成分差别大、污染物种类繁多，毒性物质强，因此选择的处理方法也都不一样。根据制药废水处理的基本过程，参考常规废水处理的基本方法，制药废水处理方法一般可分为物理法、化学法和生物法三大类别。
物理法通常用于预处理过程，或者是深度处理工艺。通过简单的物理法并不能达到满足排放标准的目的，但是可以大大降低一些污染物的浓度，减轻后续处理工艺的污染负荷，常见的物理方法主要有吸附、气浮、混凝沉淀及膜分离法等。
吸附法是通过吸附材料对污染物的吸附特性，降低污染物质的含量。常见的吸附剂主要有活性炭、吸附树脂、腐殖酸等材料。采用混凝、活性炭吸附工艺对制药废水二级生化出水中有机物的去除进行了混凝和吸附组合处理后,总COD去除率达到76%,满足排放标准。采用粉末活性炭对黄连素脱铜废水中Cu2+的去除效果进行了研究，在pH为2.5左右时，粉末活性炭投加量为30g/L时，废水中99%的Cu2+被去除。采用Fe3O4@SiO2-NH2吸附强化混凝工艺对制药废水生化尾水进行了处理研究，采用磁吸附强化混凝深度处理技术对TOC、CODCr、TP、蛋白质、腐殖酸和多糖的去除率均较高。气浮法主要应用于制药废水预处理过程中，通常和其他工艺进行联合使用提高污染物的去除效果。采用电催化絮凝—涡凹气浮等组合工艺处理对合成与发酵混合制药废水进行了研究，结果显示采用电催化和涡凹气浮可分别提高废水的可生化性和去除约17%的COD。
混凝也是制药废水中最常见的预处理工艺。采用混凝—离心法预处理对维生素制药废水进行了研究。实验结果显示，预处理后的废水COD浓度从进水20000mg/L处理到出水8000mg/L左右，有机物的去除率高达60%，大大降低了后续生化处理的有机负荷，为选择有效的生化处理工艺创造了有利的条件。对制药厂车间废水进行了研究，结果显示，以PAM为絮凝剂，添加氯化钙能有效地提高有机物的去除率，采用强化混凝法处理扬州某制药厂废水，实验结果显示以聚合氯化铝作为混凝剂，pH为5左右，混凝剂的投加量为200mg/L，有机污染物的去除率为89%，处理效果显著。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档术文档。