客观地认识和评价一个新的工艺是进一步开发研究的基础，尽管DAT--IAT工艺有如前所述的诸多优点，但同时也存在一些不足之处：
(1)回流污泥量大：能耗高为了保持DAT池内较长的污泥龄和较高的微生物浓度，得在IAT池内安装污泥泵，将IAT池内的部分污泥用污泥泵连续抽回DAT池。
(2)脱氮除磷需要延长运行周期：增加搅拌脱氮除磷要求好氧/缺氧/厌氧交替的环境，由于该工艺的缺氧、厌氧环境是从好氧环境转变过去，且只发生在滗水阶段末期，反硝化和磷的释放不充分，脱氮除磷的效果是有限的，因此，可根据要求增设搅拌装置延长缺氧、厌氧的时间，但这却相应地延长了运行周期。
(3)除磷效果差：由于DAT-IAT工艺的厌氧只发生在滗水阶段末期，持续时间很短，磷的释放不充分，并且IAT池中残留的溶解氧和N0x-N浓度对其也会产生影响；同时，滗水阶段末期可生物降解的有机物浓度很低，使聚磷菌没有合适的基质可利用；此外，泥龄愈短，除磷效果愈好，而DAT-IAT工艺属于长泥龄工艺，故而除磷效果差。