国内外治理畜禽粪便主要分为产前、产中和产后治理。
产前治理
发达国家对养殖场污染物的治理主要采用源头控制的对策，因为即使在对农民有巨额补贴的欧洲国家，能够采用污水处理设备的畜禽养殖场也很少，为此畜禽场面源控制，主要通过制定畜禽场农田最低配置(指畜禽场饲养量必须与周边可蓄纳畜禽粪便的农田面积相匹配)、畜禽场化粪池容量、密封性等方面的规定进行。
在日本、欧洲大部分国家，强制要求单位面积的养殖畜禽数量，使畜禽养殖数量与地表的植物及自净能力相适应。借鉴国外的经验，我国在新建畜禽养殖场时，应进行合理的规划，以环境容量来控制养殖场的总量规模，调整养殖场布局，划定禁养区、限养区和适养区，同时应加强对新建场的严格审批制度，新建场一般都要设置隔离或绿化带，并执行新建项目的环境影响评价制度和污染治理设施建设的“三同时”(养殖场建设应与污染物的综合利用、处理与处置同时设计、同时施工和同时投入使用。)制度，还可以借鉴工业污染治理中的经验，从制定工艺标准、购买设备补贴以及提高水价等方面推行节水型畜牧生产工艺，从源头上控制集约化养殖场污水量。
产中治理
一方面注重研究的是采取动物营养性环保措施。张云影等研究显示，降低日粮蛋白质水平2%，可使生长肥育猪的氮排出量减少约20%。有关试验表明，降低生长猪日粮蛋白质浓度，可补充赖氨酸和苏氨酸，不会影响生长性能。选用含硫低的饲料原料，配制营养合理含硫量低的日粮，仔猪的总硫和硫酸盐的排泄量可以减少约30%，可带来猪舍硫化氢气体排放的减少。在减少磷的排泄方面，研究表明，每公斤饲粮添加l000酶单位的微生物植酸酶，可将约l/3的不可利用磷转化为可利用磷，减少无机磷的添加量，从而减少猪粪便磷排出对环境的污染。在环境保护方面，已证实多阶段饲喂法可提高饲料转化率70%，猪在肥育后期，采用二阶段饲喂比采用一阶段饲喂法的氮排泄量减少8.5%。饲喂阶段分得越细，不同营养水平日粮种类分得越多，越有利于减少氮的排泄。另一方面研究是从强化管理入手，推广畜禽养殖场清洁生产技术，采用科学的房舍结构、生产工艺，实现固体和液体、粪与尿、雨水和污水三分离，降低污水产生量和降低污水氨、氮浓度。通过对生产过程中主要产生污染的环节实行全程控制，达到控制和防治畜禽养殖可能对环境的污染。
产后治理
即末端治理，主要是对畜禽粪尿进行资源化、无害化处理。目前有关产后治理方法的研究主要侧重于各种畜禽粪尿处理方面，主要有物理处理法、物理化学处理法、化学处理法和生物技术处理法。由于物理处理法只能初步处理污水 ，而对分离出的固态粪便则多采用无防渗、防淋失设施的露天晾粪场处理，粪便的理化特征改变较小，这种方法处理效率和去除率低，而化学处理法存在二次污染问题，故实际中应用较少，目前研究最多的就是以生物处理法为主的混合处理法。同时可以查看中国污水处理工程网更多技术文档。
适合禽畜养殖废水的产后生物处理方法有：
厌氧处理方法
好样处理方法
堆肥处理方法
自然处理方法
在实际应用中，一般视具体情况，以以上几种方法为主体并结合其他处理方法进行优化组合，资源化、无害化和运行费用低廉化应是养殖废水处理的首要原则。