1 混凝沉淀法
物化法以较为经济的混凝沉淀法为首选。通常, 采用混凝处理后, 不仅能够有效地降低污染物的浓度, 而且废水的生物降解性能也能得到改善。在制药工业废水处理中常用的凝聚剂有:聚合硫酸铁、氯化铁、亚铁盐、聚合氯化硫酸铝、聚合氯化铝、聚合氯化硫酸铝铁、聚丙烯酰胺(PAM)等。絮凝沉淀工艺的不足之处是: 会产生大量的化学污泥; 出水的pH 值较低, 含盐量高; 氨氮的去除率较低。所以即使有较好的处理效果, 在选用时还是要慎重考虑。有制药废水需要处理的单位，也可以到污水宝项目服务平台咨询具备类似污水处理经验的企业。
2 气浮法
气浮法通常包括充气气浮、溶气气浮、化学气浮和电解气浮等多种形式。在制药工业废水处理中, 如庆大霉素、土霉素、麦迪霉素等废水的处理, 常采用化学气浮法。庆大霉素废水经化学气浮处理后, COD 去除率可达50%以上, 固体悬浮物去除率可达70% 以上。
3 吸附法
吸附法是指利用多孔性固体吸附废水中某种或几种污染物, 以回收或去除污染物, 从而使废水得到净化的方法。在制药工业废水处理中, 常用煤灰或活性炭吸附预处理生产中成药、米菲司酮、双氯灭痛、洁霉素、扑热息痛、维生素B6 等产生的废水。
4 吹脱法
当氨氮浓度大大超过微生物允许的浓度时, 在采用生物处理过程中, 微生物受到NH3- N 的抑制作用, 难以取得良好的处理效果。赶氨脱氮往往是废水处理效果好坏的关键。在制药工业废水处理中, 常用吹脱法来降低氨氮含量, 如乙胺碘呋酮废水的赶氨脱氮。